Sejak tahun 2002, untuk pertama kalinya bantuan Uni Eropa kepada Indonesia dituangkan dalam sebuah dokumen strategi bersama yang disebut Country Strategy Paper (CSP). CSP yang dibangun bersama oleh kedua pemerintah ini meliputi analisis kondisi dan permasalahan di Indonesia di berbagai sektor prioritas kerja sama. Namun demikian CSP yang berdurasi lima tahun tersebut tidak dibangun secara partisipatif dan transparan. Hampir tidak ada konsultasi publik yang dilakukan selama penyusunan CSP. Demikian pula dalam pemilihan proyek-proyek kerja sama. Lebih parah lagi, ternyata pengawasan penggunaan dan hibah juga tidak dilakukan dengan baik, utamanya oleh pemerintah Indonesia, karena dana hibah ini ternyata tidak tercatat dalam anggaran negara.

Minimnya transparansi dan informasi mengenai proyek-proyek ini yang tersedia bagi publik mengakibatkan publik atau masyarakat sipil hampir tidak dapat berperan dalam mengawasi dan memberi input dalam pelaksanaan proyek-proyek kerja sama kehutanan ini. Hal ini pula yang menyebabkan banyak proyek-proyek kerja sama Uni Eropa dan Indonesia di bidang kehutanan yang disoroti publik karena hasil yang diperoleh tidak memuaskan dan tidak sebanding dengan biaya dan sumber daya yang dikeluarkan.